Mercato d'hiver :Faute de LDC le budget est déjà bien déficitaire dès la fin du mois de décembre, des départs sont donc inévitables lors de ce mercato d'hiver. Le premier départ acté est celui de C.Henry, doublure de Costa à gauche qui rejoint City pour 15 millions d'euros et qui sera suppléé par Demel. Une première bonne opération qui sera suivie trois jours plus tard d'un transfert record pour le club qui conclue la vente de N.Maltese chez les Gunners d'Arsenal pour 50 millions d'euros dont 25 payés directement. Pour pallier à son départ Barbagelata est rappelé de son prêt au FC Nantes et assura le rôle de remplaçant. Les comptes sont eux repassés au vert !
Seconde partie de saison :Malgré une première défaite à Nice le Cercle poursuit sur son rythme fou en enchainant les victoires, le rival bastiais est notamment corrigé à la maison grâce à un triplé de Dominici. L'ASM ne dessert cependant pas son étreinte et revient à seulement 3 petits points après la défaite et le nul contre Montpellier et Nantes. Dominici offre cependant le titre au CA grâce à ses deux buts dans le choc contre le voisin monégasque lors de la 36ème journée. Le troisième titre de champion pour le club corse !
98, 95 et 93 points, ce sont les bilans assez exceptionnels de Bastia, Monaco et Montpellier lors de ce championnat 2036/3037 record ! Paris parait désormais bien loin avec ses 74 points. Belle saison de Nantes 5ème, Bastia échappe de peu à la L2 avec 32 petits points
Parcours en Coupe :Peu en veine au tirage le CA doit se déplacer trois fois lors de ses tours de CDL. Le match le plus compliqué est évidement celui de Monaco mais le club l'aborde sereinement mais doit attendre les tirs aux buts pour décrocher une qualification pour la finale assez méritée. Opposée à Nantes belle surprise de la saison, l'équipe est menée à la MT et Squillacci doit pousser une gueulante pour voir ses joueurs inverser la tendance et l'emporter 3-2.
Équipe receveuse de chacun de ses matchs, la formation corse n'a pas vraiment eu à lutter pour accéder à sa deuxième finale de coupe nationale après avoir brillamment sorti Bordeaux et l'OL en 1/4 et 1/2. Le 63ème match de l'année hors matchs internationaux est cependant celui de trop pour les corses qui s'inclinent contre Paris en finale sans jamais avoir existé dans la rencontre.
Parcours en Coupe d'Europe :Après deux tours faciles contre le Spartak Moscou et Stoke l'équipe retrouve un club habitué des joutes de LDC, la Juventus de Turin. Cueillis à froid par le champion du mon Mathys l'équipe fait preuve d'un incroyable sang-froid et renverse la tendance grâce à pas moins de 30 frappes au but. Le retour est plus compliqué, les joueurs n'y sont pas et les italiens reviennent à égalité 3-1 dès la 35ème minute. Malgré un doublé de Dominici avant la pause la Juve mène 4-2 à la 70ème minute, la fin de match est très tendue mais le CA parvient à conserver ce résultat et passe malgré cette défaite.
Les corses accueillent Valence en demie et malgré la domination lors du match aller l'équipe ne peut faire mieux que 2-1, un résultat délicat en vue du match retour. De nouveau l'équipe est bien timorée au retour et encaisse rapidement un but synonyme d'élimination. Malgré un passage à trois attaquants l'équipe se crée peu d'occasion mais pourra compter sur un coup de tête salvateur de Pianelli à la dernière seconde du match pour arracher un finale contre le Milan AC ! Une qualification à l'arrachée historique pour les hommes de Squillaci.
Le Cercle retrouve le Milan pour sa première finale européenne, seulement privé de F.Costa le franco portugais. Malgré la grosse pression des milanais les corses parviennent à ouvrir le score par Schmidt sur leur première occasion. Le Milan bute lui sur la défense corse et l'attaquant bastiais signe un doublé d'entrée de seconde période qui scelle une finale où la réussite aura été déterminante. Le CA remporte sa première coupe d'Europe, la première pour le foot français depuis l'OM en 1993 !